Zentrale Aufgabe der Integrierten Doktorandenschule (RTG) ist es, übergreifende Aspekte der wissenschaftlichen Ausbildung der Promovenden im Rahmen des SFB zu gewährleisten. Dies umfasst ein strukturiertes Ausbildungs- und Trainingsprogramm in wissenschaftlichen und wissenschaftsnahen Kompetenzfeldern, wie der Kommunikation von Forschungergebnissen. Die Promovendenausbildung in der RTG ist in in die bereits existierende exzellente Struktur der Graduiertenakademie in Jena eingebunden. Darüber hinaus wird die Integrierte Doktorandenschule das wissenschaftliche Austauschprogramm von PolyTarget organisieren und den Promovenden beim Aufbau ihres eigenen nationalen und internationalen wissenschaftlichen Netzwerks zur Seite stehen.